Cito algunas de las librerías que he utilizado personalmente y que corrigen la incompatibilidad de Internet Explorer 6 (IE6). Todos ellos son válidos y funcionan a la perfección, por tanto elegir un script es más una elección por gusto que por otra cosa:

PNG fix

Correcto script que habilita las transparencias de PNG en IE6.

http://homepage.ntlworld.com/bobosola/

Unit PNG fix

Otro script que soluciona el problema, esta vez todo en menos de 1kb!
http://labs.unitinteractive.com/unitpngfix.php

SuperSleight

Esta vez un script salido de uno de los sitios web de referencia para todo Front-End o diseñador web.

http://24ways.org/2007/supersleight-transparent-png-in-ie6

IE7-js

Alojado en code.google.com, un script completo que además de corregir el problema de la transparencia, corrige otros problemas con IE6 y versiones anteriores.

http://code.google.com/p/ie7-js/

He probado todas estas librerías y todos hacen más o menos lo mismo:

Le aplica un “filter”  a la imagen (progid:DXImageTransform.Microsoft.AlphaImageLoader(...)). Es un filtro que solo admite IE6 y lo que hace es habilitar las transparencias de la propia imagen.

Cada librería lo aplica a su manera, y su aplicación también varía ligeramente. En mi trabajo actual empecé usando Unit PNG fix pero he acabado usando IE7-js ya que me interesaba el resto del paquete.